バージョン管理機能を利用しているフォルダにおいて、エクスプローラ上で直接エクセルファイルを開き、上書き更新しました。その後ブラウザから旧バージョンを確認したところ、過去版が表示されません。

編集するソフトウェアの仕様によっては、直接ファイルを開いて上書きした場合、バージョン情報が保存されない場合があります。（例：エクセル、ワードなど）確実に旧バージョンを管理するには一旦ローカルでファイルを編集し、クライアントツールでドラッグ＆ドロップでクラウドストレージにファイルアップロードするか、ブラウザ経由での上書きアップロードをおこなってください。